Gedung Madrasah dibangun secara permanen pada tahun 1996 dan diserahterimakan pada tahun tersebut untuk MIN Parung dengan kepala madrasah yang pertama yaitu bapah Daii supriatna.
Pada tahun 1996 mulai dioperasikan dengan menerima siswa baru berjumlah 23 Siswa.
MIN parung dibawah Pimpinan Bapak H. Dai Supriatna berlangsung selama 2 tahun yaitu dari tahun 1996-1998 kemudian digantikan oleh Bapak M. Darum (1998–2007), kemudian digantikan oleh Bapak H. Aad Adlani (2008– 2015). Dan mulai bulan Oktober 2015 dipimpin oleh Bapak Abdul Azis, S.Ag, M.Pd.I sampai Sekarang.